《指导意见》明确，到2030年，农业绿色发展水平明显提高，农业资源利用效率稳步提高，废弃物资源化利用水平明显提升，农业产地环境保护水平持续增强，绿色低碳循环的农业产业体系初步构建，农业发展全面绿色转型取得积极进展，农村生态环境显著改善，乡村生态振兴有效推进。
到2035年，农业绿色发展水平显著提高，绿色生产方式基本形成，农业资源利用效率达到国际先进水平，农业产地环境得到全面改善，农业产业发展循环畅通，生产生活生态协调发展，绿色低碳循环的农业产业体系更加完善，乡村生态振兴迈上新台阶，生态宜居的美丽乡村基本实现。
《指导意见》要求，推动健全耕地数量、质量、生态“三位一体”保护制度体系，落实耕地保护和粮食安全责任制考核。开展盐碱地综合利用试点，推进“以种适地”同“以地适种”相结合，探索不同类型盐碱地治理利用模式和技术路径。加强高标准农田建设，完善田间灌排设施，统筹发展高效节水灌溉，2025—2030年新增高效节水灌溉面积6000万亩左右。实施科学施肥增效行动，持续推进测土配方施肥，探索主要农作物氮肥施用定额管理，分区分类型制定施肥指导意见，推广侧深施肥、种肥同播、无人机追肥等高效施肥模式和装备。
《指导意见》提出，深入开展绿色种养循环农业试点，培育一批开展粪肥还田等服务的社会化服务主体，以县为单位构建粪肥还田组织运行模式，形成发展绿色种养循环农业的技术模式、组织方式和长效机制。强化秸秆收集、储运、加工、利用等全产业链开发，发展成型燃料、食用菌基质、人造板材等产业，培育一批秸秆收储和利用主体。稳步推进农村改厕，协同推进农村生活垃圾污水治理，推动建立生活有机废弃物回收利用体系，鼓励将易腐垃圾同农村厕所粪污协同处理与资源化利用。
推进农业生态系统稳定多样方面，《指导意见》提出，坚定不移推进长江十年禁渔，全面落实退捕渔民安置保障政策，加强动态监测，强化就业帮扶和兜底保障。推动黄河流域生态保护和高质量发展，严格落实以水定地、以水定产，统筹开展地下水超采综合治理，推进黄河流域深度节水控水。
《指导意见》还提出，实施农产品仓储保鲜冷链物流设施建设工程，建设一批产地冷藏保鲜设施、产地冷链集配中心，提高流通效率，降低流通环节成本。加强绿色、有机、名特优新和地理标志农产品培育发展，建立地理标志农产品原产地识别和培育体系。
